elasticsearchっていってもKibana用なんですけど、インデックスをずっと貯めておくのは厳しいので、定期的に削除したいです。
elasticsearch-curatorというツールを使うのが便利っぽです。
http://qiita.com/hakobera/items/48e15c4bb4cc8110c495
インデックスファイルを削除した直後に、「あー、あの時のデータ見たかったのに!」と言われるのはよくあることなので、いきなり削除するのではなく Close と併用すると良いと思います。Close したインデックスは検索対象からは外れますが、後で Open することですぐに復活させることができます。
これあるあるなので、ぜひ設定したいところですね。